Claudia Agostoni es Doctora en Historia por el King’s College London, University of London, Reino Unido, y Maestra en Latin American History por la London School of Economics and Political Science de esa misma universidad. Desde 1997 es Investigadora del Instituto de Investigaciones Históricas de la UNAM y Profesora en la Facultad de Filosofía y Leras de la UNAM. Es Miembro del Sistema Nacional de Investigadores, de la Academia Mexicana de Ciencias y miembro de número de la Academia Mexicana de la Historia.
Su área de especialización es la historia social y cultural de la salud pública durante los siglos XIX y XX. Ha publicado numerosos artículos y capítulos de libros en México, Argentina, Brasil, Colombia, España, Estados Unidos y Francia. Entre sus obras destacan Médicos, campañas y vacunas. La viruela y la cultura de su prevención en México, 1870-1952 (México, 2016), y Monuments of Progress: Modernization and Public Health in Mexico City (1876-1910) (University of Calgary Press, 2003). Es coautora de Las estadísticas de salud en México. Ideas, actores e instituciones, 1810-2010 (México, Secretaría de Salud, 2010) y ha coordinado diversas obras colectivas: Curar, sanar y educar. Enfermedad y sociedad en México, siglos XIX y XX (México, UNAM, 2008); De normas y transgresiones. Enfermedad y crimen en América Latina (1850-1950) (México, UNAM, 2005) y Modernidad, tradición y alteridad. La ciudad de México en el cambio de siglo (XIX-XX) (México, UNAM, 2001), entre otras.
Ha sido profesora visitante en la Universidad de Texas en Austin (EUA), en los Institutos Nacionales de Salud en Bethesda, Maryland (EUA), en la Universidad de Columbia (EUA) y en El Colegio de México, entre otras instituciones. Recibió el premio a la investigación en humanidades por la Academia Mexicana de Ciencias, el reconocimiento Sor Juana Inés de la Cruz otorgado por la UNAM y menciones por parte del Comité Mexicano de Ciencias Históricas.
Ha participando como ponente en congresos nacionales e internacionales, ha formado parte de comisiones dictaminadoras y de comités de evaluación en México y en el extranjero, y desde 2002 coordina y dirige el Seminario de Historia Social y Cultural de la Salud y la Enfermedad en México (IIH-UNAM).